Metabarcoding analaysis (16S rRNA marker) with FROGS
2021/01/25
The purpose of this post is to show you how to analyze 16S metabarcoding datasets (Illumina 16S V3-V4 region) from the command line with FROGS on the migale server and how to explore data in a BIOM …
Initiation à R
2021/01/19
Ce post a pour objectif de vous aider à débuter sous R : les structures de données et leur manipulation, les principales fonctionnalités du langage et de quoi faire des figures très simples. Ce …
L’infrastructure de Migale
2020/12/03
Ce post a pour objectif de vous présenter et de vous apprendre à utiliser l’infrastructure mise à disposition par la plateforme Migale : modalités d’accès (création de compte, connexion aux …
Mettre en ligne son rapport d’analyse R markdown
2020/05/06
Cette vignette propose différentes méthodes pour rendre accessible son rapport d’analyse sur le web. Ces méthodes sont basées sur les technologies du web en utilisant Rstudio. La génération des …
16S Metagenomics Training - Chaillou dataset analysis
2019/03/01
This vignette is a re-analysis of the data set from Chaillou et al. (2015), as suggested in the Homeworks section of the slides. Note that this is only one of many analyses that could be done on the …
16S Metagenomics Training - Ravel dataset analysis
2019/03/01
This vignette is a re-analysis of the data set from Ravel et al. (2011), as suggested in the Homeworks section of the slides. Note that this is only one of many analyses that could be done on the …